Het volledig voorkomen van malaria door chemoprofylaxe is niet goed mogelijk. Het belangrijkste doel van profylaxe is dan ook een ernstig verlopende malaria tropica te voorkomen. Door de toenemende resistentie van Plasmodium falciparum is de bescherming die de chemoprofylactica bieden niet altijd afdoende. Plasmodium vivax en Plasmodium ovale zijn wel te onderdrukken tijdens het gebruik van chemoprofylaxe maar een uitgestelde eerste aanval is niet te voorkomen.
De grenzen tussen malariagebieden en gebieden waar geen malaria voorkomt, zijn niet exact aan te geven en kunnen variëren per seizoen of per jaar. Ook kunnen grenzen verband houden met bijvoorbeeld hoogte of maatregelen die in een bepaald gebied of land genomen worden om muggen te bestrijden. Met name voor reizigers naar zulke grensgebieden ontstaat er vaak verwarring en verschil in advies over de noodzaak van het gebruiken van malariaprofylaxe. ln de praktijk is gebleken dat ven¡rarring en onvrede over het gegeven advies voorkómen kunnen worden door vooraf met de reiziger te bespreken dat men naar een grensgebied reist, en uitleg te geven dat het dus kan vóórkomen dat andere reizigers in dit gebied met hun adviseur tot een ander besluit zijn gekomen. Er kan onderscheid gemaakt worden in . advies voor een gebied waar anti-muggenmaatregelen voldoende bescherming bieden . advies voor een gebied waar naast anti-muggenmaatregelen chemoprofylaxe nodig geacht wordt voor een goede bescherming tegen malaria
Uit verschillende onderzoeken uitgevoerd in Azië en Afrika is gebleken dat plaatselijk verkochte malariamiddelen vaak geen of te weinig werkzame bestanddelen bevatten. Het heeft daarom altijd de voorkeur voldoènde malariamiddelen uit Nederland mee te nemen.